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Jun 22, 2023

Identificazione, smistamento e profilazione di cellule killer funzionali tramite la cattura di target fluorescenti

Nature Biomedical Engineering (2023) Cita questo articolo 9 Dettagli sulle metriche alternative I test per valutare la citotossicità cellulo-mediata sono in gran parte incentrati sulla cellula bersaglio e non possono identificare e isolare

Nature Biomedical Engineering (2023) Citare questo articolo

9 Altmetrico

Dettagli sulle metriche

I test per valutare la citotossicità cellulo-mediata sono in gran parte incentrati sulla cellula bersaglio e non possono identificare e isolare sottopopolazioni di cellule effettrici citotossiche. Qui descriviamo un test compatibile con la citometria a flusso per l'identificazione accurata e lo smistamento delle sottopopolazioni funzionali di cellule killer nelle co-colture. Il test, che abbiamo chiamato PAINTKiller (per "identificazione del trasferimento intracellulare di prossimità per affinità delle cellule killer"), si basa sul rilevamento di una proteina fluorescente intracellulare "dipinta" da una cellula lisata sulla superficie della cellula citotossica in lisi (in particolare, sulla cellula lisi, il derivato intracellulare della fluoresceina (carbossifluoresceina succinimidil estere) viene catturato sulla superficie della cellula killer naturale da un anticorpo per l'isotiocianato anti-fluoresceina legato a un anticorpo per il recettore di superficie pan-leucocitario CD45). Il test può essere integrato con il sequenziamento dell'RNA di singola cellula per l'analisi dei percorsi molecolari associati alla citotossicità cellulare e può essere utilizzato per scoprire i correlati delle risposte immunitarie funzionali.

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I set di geni distintivi curati sono disponibili pubblicamente dal database delle firme molecolari (MSigDB, v.7.4). I dati di sequenziamento di PAINTKiller-seq sono disponibili nel database GEO, con numero di accesso GSE207508. Tutti i dati necessari per valutare le conclusioni descritte in questo documento sono inclusi nel documento e nelle sue informazioni supplementari. I set di dati grezzi e analizzati generati durante lo studio sono disponibili per scopi di ricerca presso gli autori corrispondenti su richiesta ragionevole. I dati di origine sono forniti con questo documento.

Il codice R per riprodurre le analisi mostrate nelle figure è disponibile su Zenodo all'indirizzo https://doi.org/10.5281/zenodo.8004120.

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